Sanktuarium zbudowane obok kaplicy Matki Boskiej Fatimskiej, gdzie modlono się po zamachu na papieża Jana Pawła II w 1981 roku. Wierni złożyli obietnicę Maryi wybudowania kościoła w podzięce za ocalenie Papieża.
Od 13 maja 2018 roku Sanktuarieum na Krzeptówkach Matki Bożej Fatimskiej jest Sanktuarium Narodowym.